太平溪：台东市

        番雅沟：线西乡、鹿港镇

        陈有兰溪

        社口溪

        九棚溪：满州乡

        狮子溪：枋山乡

        大溪：牡丹乡

        二仁溪：南区、高雄市茄萣区

        爱河：鼓山区、苓雅区

        达仁溪：达仁乡

        南兴溪：大武乡

        浊水溪：彰化县大城乡、云林县麦寮乡

        鹿寮溪：满州乡

        旧浊水溪：福兴乡

        港口溪：满州乡

        七里溪：枋山乡

        南仁鬱溪：满州乡

        嘉义县

        溪仔口溪：满州乡

        后劲溪：楠梓区

        志乐溪

        鹿野溪

        丹大溪

        林边溪：林边乡、佳冬乡

        合欢溪

        洋子溪（洋仔厝溪）：鹿港镇

        乾溪：牡丹乡

        卡社溪

        台南市

        金崙溪：太麻里乡

        太麻里溪：太麻里乡

        拉布拉溪：太麻里乡

        台东县

        无水溪：满州乡

        浊水溪：大城乡、云林县麦寮乡

        乌万溪（大鸟溪）：大武乡

        重溪

        盐水溪：安南区、安平区

        清水溪

        八掌溪：嘉义县布袋镇、台南市北门区

        大湖口溪

        文里溪（北太麻里溪）：太麻里乡

        后堀溪

        四重溪：车城乡

        隘寮溪

        鹿耳门溪：安南区

        眉溪

        北港溪：云林县口湖乡、嘉义县东石乡

        前镇河：前镇区

        菜寮溪

        将军溪：北门区、将军区

        大石盘溪（石盘溪）：枋山乡

        津林溪（加津林溪）：大武乡

        塔瓦溪：屏东县牡丹乡、台东县达仁乡

        浊口溪

        七溪：七区

        塔瓦溪：牡丹乡、台东县达仁乡

        鱼寮溪：大城乡

        龙溪：布袋镇

        刣牛溪：恆春镇

        云林县

        加走寮溪

        安朔溪：达仁乡、大武乡

        曾文溪：七区、安南区

        高雄市

        安良港大排（南势溪）：清水区

        荖溪

        竹坑溪：枋山乡、车城乡

        万大溪

        卑南溪：台东市

        保力溪：车城乡

        新虎尾溪：麦寮乡、台西乡

        阿公店溪：永安区、弥陀区

        大武溪：大武乡

        朴子溪：东石乡

        彰化县

        高屏溪：林园区、屏东县新园乡

        朝庸溪：大武乡

        郡大溪

        率芒溪（士文溪）：枋寮乡、枋山乡

        三叠溪

        旭海溪：牡丹乡

        乌溪：台中市龙井区、彰化县伸港乡

        白水溪

区

        港子溪：满州乡

        石牛溪：恆春镇

        急水溪：北门区

        清水大排水沟（米粉寮溪）：清水区

        美溪

        拉库音溪

        社皆坑溪：车城乡

        十里溪：枋寮乡（地图未标示）

        旗山溪

        万丈深坑溪：满州乡

        枫港溪：枋山乡

        东港溪：新园乡、东港镇

        旧虎尾溪：台西乡、四湖乡

        猫罗溪

        二仁溪：台南市南区、高雄市茄萣区

        埤日溪：满州乡

        乌溪：龙井区、彰化县伸港乡

        屏东县

        八掌溪：布袋镇、台南市北门区

        员林大排：鹿港镇、福兴乡

        内寮溪：枋寮乡

        前溪

        水里溪

        北港溪：口湖乡、嘉义县东石乡

        后港溪：芳苑乡

        典宝溪：梓官区、楠梓区

        南港溪

        南湖溪

        知本溪：太麻里乡、台东市

        枋山溪：枋山乡

        二林溪：芳苑乡

        南势湖溪：枋山乡

        汉宝溪：福兴乡、芳苑乡

        利嘉溪：台东市

        高屏溪：高雄市林园区、屏东县新园乡

        牛挑湾溪：口湖乡

        宝来溪

        大竹溪：大武乡、太麻里乡